Encinas leitet die Wahrheitskommission, die kürzlich einen Bericht zu dem Fall vorlegte. Darin wurde das Militär mitverantwortlich für das Verschwindenlassen der jungen Männer gemacht. Encinas sprach von einem «Staatsverbrechen». Der damalige Generalstaatsanwalt Jesús Murillo Karam wurde mittlerweile verhaftet. Er soll die Ermittlungen manipuliert haben, unter anderem wurden offenbar Verdächtige gefoltert. Bislang wurden 83 Haftbefehle erlassen, darunter 20 gegen Militärs.
Korrupte Polizisten hatten die Studenten des Lehrerseminars Ayotzinapa in der südlichen Stadt Iguala in der Nacht zum 27. September 2014 verschleppt und dem Verbrechersyndikat Guerreros Unidos übergeben. Die Hintergründe der Tat sind bis heute nicht vollständig aufgeklärt. Laut dem Bericht der Wahrheitskommission wurden wohl alle getötet. Bislang wurden allerdings nur Knochenfragmente von drei der jungen Männer gefunden und identifiziert.